北京协和医学院学术资源馆藏资源据2020年9月学校官网显示，中国医学科学院/北京协和医学院医学信息研究所/图书馆馆藏外文印本期刊3600余种，中国国内外医药领域专业数据库百余种；建有中国生物医学文献服务系统（SinoMed），建成西太平洋地区医学索引、公众健康知识服务等系列平台
学术期刊《中国医学科学院学报》为双月刊，主要设有院士论坛/述评、专家论坛/述评、论著、综述、技术方法、经验交流、研究简报、论著摘要、病例报告、科技消息、书评等栏目，被美国生物医学文献联机数据库Medline（PubMed、网络版）、荷兰医学文摘数据库（EMBASE）、美国化学文摘数据库及其《化学文摘》（CA）、世界卫生组织西太平洋地区医学索引（WPRIM）、世界卫生组织《医学增补文摘》光盘数据库（ExtraMED）、波兰《哥白尼索引》（IC）、日本科学技术振兴机构中国文献数据库（JST）等数据库收录
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