北京中医药大学合并组建2000年，学校与原北京针灸骨伤学院合并组成新的北京中医药大学，直属教育部

北京针灸骨伤学院附属中医药学校并入北京中医药大学

 2006年，北京冶金医院并入北京中医药大学，成为北京中医药大学第三附属医院

 2008年，学校入选国家大学生创新性实验计划实施学校

2011年，学校成为“985工程优势学科创新平台”建设高校

6月，北京二七机车厂医院、北京通州区中医院并入北京中医药大学东直门医院

2012年，学校入选国家级大学生创新创业训练计划实施高校

 7月，学校入选教育部首批来华留学示范基地

2014年10月，枣庄市中医医院挂牌成为北京中医药大学枣庄医院、北京中医药大学第四临床医学院

2015年4月，学校入选国家卓越医生（中医）教育培养计划改革试点高校

10月，北京中医药大学良乡校区揭牌

12月，学校成为创建世界一流中医药大学合作联盟创始成员

2016年1月，北京中医药大学巴塞罗那分校成立

10月，龙岗区中医院挂牌成为北京中医药大学深圳医院、北京中医药大学第五临床医学院

12月，大连市政府、瓦房店市政府与与北京中医药大学共同签署北京中医药大学大连校区项目合作协议

 2017年9月，北京中医药大学入选国家首批“双一流”建设高校

 11月，北京中医药大学获全国第二批深化创新创业教育改革示范高校

 12月，厦门市中医院挂牌成为北京中医药大学第八临床医学院、北京中医药大学厦门医院

 2018年6月，房山区中医医院正式由北京中医药大学托管，成立北京中医药大学第六临床医学院，即北京中医药大学房山医院

 2019年12月，北京中医药大学等6所医学院校发起成立北京卓越医学人才培养高校联盟

 同月，北京中医药大学与华为技术有限公司签署战略合作框架协议

 2020年7月，入选第二批高校国家知识产权信息服务中心建设名单

 9月27日，加入健康扶贫联盟

 10月，被国家知识产权局、教育部确定为2020年度国家知识产权试点高校

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