北京中医药大学科研机构截至2022年3月，学校有省部级以上科研基地56个

其中国家级国际科技合作基地3个，教育部重点实验室3个，教育部工程研究中心3个，高等学校学科创新引智基地4个，国家中医临床研究基地2个，国家中医药管理局三级实验室14个，国家中医药管理局重点研究室10个，国家药品监督管理局中药监管科学研究基地1个，国家药品监督管理局重点实验室1个，国务院台湾事务办公室台湾中医药研究基地1个，北京市重点实验室6个，北京市教委工程研究中心1个，北京市国际科技合作基地6个，北京中医药文化研究基地1个

 科技部国际科技合作基地：中医药防治重大疾病国际合作研究基地、中医药防治疑难疾病国际合作研究基地国家级国际联合研究中心：中医药防治糖尿病国际联合研究中心教育部重点实验室：中医内科实验室、中医药抗病毒实验室、中医养生学实验室教育部工程中心：中药制药与新药开发工程中心、中药材规范化生产工程中心高等学校学科创新引智基地：中西医结合学科创新引智基地、中医学与中药学科创新引智基地国家中医药管理局三级实验室：中药药理实验室、神经细胞分子生物学实验室、细胞生物化学实验室、神经免疫实验室、病理实验室、中药鉴定实验室、中药药理实验室、细胞分子生物学实验室、中药制剂实验室、针灸生物学实验室、细胞分子技术实验室、微生物与免疫实验室、中药分析实验室、中药化学实验室国家中医药管理局重点研究室：心脉病证益气活血研究室、糖尿病肾病微型症瘕研究室、证候规范化方法研究室、中医体质辨识研究室、针灸特色疗法评价研究室、中药信息工程研究室、方剂配伍效应评价研究室、脑病中医证治研究室、中药经典名方有效物质发现研究室北京市教委工程中心：中药质量控制技术工程中心北京市哲学社会科学研究基地：北京中医药文化研究基地北京市国际科技合作基地：中医药防治糖尿病北京市国际科技合作基地、中医药防治免疫性疾病北京市国际科技合作基地、基于老年痴呆防治的中医药慢病研究北京市国际科技合作基地、肝病动物模型与新药研发北京市国际科技合作基地、中西医结合肿瘤北京市国际科技合作基地、神经变性病中医药防治北京市国际科技合作基地北京市重点实验室：中医内科学北京市重点实验室、中药基础与新药研究北京市重点实验室、证候与方剂基础研究北京市重点实验室、中医养生北京市重点实验室、中药生产过程控制与质量评价北京市重点实验室、中药品质评价北京市重点实验室 

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