甘肃畜牧工程职业技术学院院系设置截至2022年4月，学校设有8个二级学院，开设51个专科专业

 畜牧系专业：畜牧兽医（生态养殖）、畜牧兽医（设施养殖）、畜牧兽医（养牛与牛病防治）、畜牧兽医（养羊与羊病防治）、畜牧兽医（养猪与猪病防治）、畜牧兽医（养禽与禽病防治）、饲料与动物营养、特种动物养殖等专业兽医系专业：动物医学、动物医学（宠物医学方向）、中兽医、动物防疫与检疫、畜牧兽医（兽医方向）、兽药制药技术、农业生物技术专业车辆工程系专业：汽车检测与维修技术、汽车制造与装配技术、汽车电子技术、汽车营销与服务、机电设备维修与管理、工程机械运用技术、农业装备应用技术机械工程系专业：机械设计与制造、数控技术、模具设计与制造、机械制造与自动化、焊接技术与自动化、材料成型与控制技术、机械装备制造技术电子信息工程系专业：机电一体化技术、电气自动化技术、电子信息工程技术、农村电气化、应用电子技术、计算机应用技术、计算机网络技术、电子商务食品科学系专业：食品加工技术专业、食品营养与检测专业、食品生物技术专业、酿酒技术（葡萄与葡萄酒工程方向）、农产品加工与质量检测专业、园艺技术经济贸易与人文科学系专业：会计，市场营销、物流管理、畜牧业经济管理

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