西藏民族大学文革时期1966年6月至7月，陕西省委和西藏工委派出的工作组相继来到民院
8月12日，学院成立了“文革筹委会”
在这场大批判的浪潮中，学院领导、绝大部分中层干部和部分教师受到了冲击，各级组织陷于瘫痪，全院处于无政府状态
1968年8月，中央负责人在接见中央学习班西藏班全体成员时，江青提出“西藏民族学院办在陕西咸阳是件怪事”，引起了学院群众的思想混乱
1970年1月23日，西藏自治区革命委员会决定撤销西藏民族学院
学院领导和大多数中层干部调离学院，部分财产转移给了陕西有关部门，给学院发展带来了严重的后果
1971年5月16日，西藏自治区党的核心小组召开会议，正式作出了恢复西藏民族学院的决定，并决定在西藏林芝建立新校址
从1972年开始，农学专业、畜牧兽医专业、财会专业、机电专业相继迁入林芝，形成了陕西咸阳为总院、西藏林芝为分校的两地办学格局
1975年1月，区党委决定，咸阳总院各专业不再迁入西藏，总院和分校学生规模均为1500人
1978年5月，西藏民族学院林芝分校更名为西藏农牧学院
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