昆明卫生职业学院院系设置截至2021年11月，学校设有10个二级学院，招生专科专业14个，有直属附属医院3所，非直属附属医院7所
直属附属医院：晋宁区中医医院、宣威东泰医院非直属附属医院：麒麟区人民医院、文山市人民医院、宣威云峰医院、广南县人民医院、寻甸县人民医院、云县中医医院
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