重庆医药高等专科学校院系专业截至2021年1月，重庆医药高等专科学校共建有药学院（中药学院）、护理学院、医学技术学院、临床医学院、中医学院、基础部、马克思主义学院、继续教育学院8个教学院部，开设高职专科专业25个
2019年起，学校与重庆科技学院联合开办“3+2专本贯通分段培养项目”本科专业
2019年“3+2专本贯通分段培养项目”对应本科院校及本科专业试点本科学校前三年专科段专业名称后两年本科段专业名称重庆科技学院医疗设备应用技术测控技术与仪器专科专业设置二级学院专业名称药学院（中药学院）药学、药品生产技术、中药学、药品质量与安全、药品经营与管理、制药设备应用技术临床医学院临床医学、口腔医学、预防医学、康复治疗技术、医学美容技术、医学影像技术护理学院护理、护理（中外合作办学）、助产、智慧健康养老服务与管理中医学院中医学、针灸推拿、中医养生保健医学技术学院医学检验技术、卫生检验与检疫技术、食品检验检测技术、眼视光技术、医学营养基础部（医工学院）智能医疗装备技术、医疗器械经营与服务信息来源：
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