重庆三峡医药高等专科学校院系设置截至2022年5月，学校设有临床医学院、中医学院、护理学院、药学院（中药研究所）、医学技术学院、公共卫生与管理学院、马克思主义学院、基础医学部、公共基础部（体育工作部）9个教学院部，并单独设置了图情信息中心、发展规划处（质量管理办公室）、合作交流中心3个教学科研机构

 2019年起，学校与重庆三峡学院联合开办“3+2专本贯通分段培养项目”本科专业

2020年7月，学校与重庆文理学院、长江师范学院分别联合培养制药工程、生物工程专业两年制“专升本”本科学生

2019年“3+2专本贯通分段培养项目”对应本科院校及本科专业试点本科学校前三年专科段专业名称后两年本科段专业名称重庆三峡学院卫生信息管理信息管理与信息系统专科专业设置二级学院专业临床医学院临床医学、口腔医学医学技术学院医学检验技术、医学影像技术、口腔医学技术、眼视光技术、医疗设备应用技术、医学生物技术中医学院中医学、中医骨伤、针灸推拿、康复治疗技术、医学美容技术、中医养生保健护理学院护理、护理（中外合作）、助产、老年保健与管理、老年服务与管理药学院药学、中药学、药品经营与管理、药物制剂技术、制药设备应用技术、药品质量与安全、中药制药技术、中医生产与加工公共卫生管理学院预防医学、大数据技术与应用、公共卫生管理、卫生信息管理、食品营养与卫生 

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