仲恺农业工程学院院系设置截止到2022年6月 ，学校设有17个二级学院，1个教学部

二级学院专业农业与生物学院农学、植物保护、种子科学与工程、生物技术、生物科学、中草药栽培与鉴定园艺园林学院园艺、园林、草业科学、林学经贸学院国际经济与贸易、会展经济与管理、投资学、农林经济与管理管理学院财务管理、工商管理、会计学、人力资源管理、市场营销信息科学与技术学院计算机科学与技术、网络工程、信息管理与信息系统、电子信息工程、通信工程、物联网工程、数据科学与大数据技术自动化学院自动化、电气工程及其自动化、机器人工程轻工食品学院食品科学与工程、食品质量与安全、生物工程、包装工程、食品营养与健康机电工程学院机械电子工程、机械设计制造及其自动化、能源与动力工程、农业工程化学化工学院应用化学、化学工程与工艺、高分子材料与工程、材料化学资源与环境学院环境科学、环境工程、资源环境科学何香凝艺术设计学院产品设计、环境艺术设计、视觉传达设计、数字媒体艺术外国语学院商务英语、英语、日语城乡建设学院城乡规划、土木工程、给排水科学与工程数学与数据科学学院统计学、信息与计算科学人文与社会科学学院行政管理、社会工作、文化产业管理动物科技学院动物科学、水产养殖学、动物医学、水生动物医学马克思主义学院负责思想政治理论课教学与马克思主义中国化研究体育部负责体育课教学与活动开展工作

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