南昌工程学院科研机构根据2022年8月学校官网显示，南昌工程学院共建有国家地方联合实验室1个，国家级大学科技园1个，省级协同创新中心1个，省级重点实验室4个，省级工程研究中心2个，省级软科学研究基地、江西省高校重点实验室、省级高校重点人文社科基地、省级优势科技创新团队和省高校科研创新团队各1个

国家地方联合实验室：鄱阳湖流域水工程安全与资源高效利用国家地方联合工程实验室 国家级大学科技园：南昌工程学院大学科技园 省级协同创新中心（牵头单位）：江西省生态水利协同创新中心 省级重点实验室：江西省水文水资源与水环境重点实验室、江西省精密驱动与控制重点实验室、江西省水信息协同感知与智能处理重点实验室、江西省退化生态系统修复与流域生态水文重点实验室  省级工程研究中心：江西省水利土木特种加固与安全监控工程研究中心、江西省水工程安全与资源高效利用工程研究中心 省级软科学研究基地：江西省水安全与可持续发展软科学研究基地 江西省高校重点实验室：江西省高等学校土壤与植物生态重点实验室 省级高校重点人文社科基地：南昌工程学院水文化研究中心 省级优势科技创新团队：生态水利优势科技创新团队（金志农，2015年获批） 

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