滁州学院科研机构截至2016年3月，学校建有省级“2011协同创新中心”1个、高校省级人文社会科学重点研究基地1个、省级工程技术研究中心1个、校级研究机构8个；建有安徽省大学生思想动态分析研究中心、滁州市食品加工研究院
省级“2011协同创新中心”：安徽地理信息集成应用协同创新中心 高校省级人文社会科学重点研究基地：江淮分水岭生态环境与区域发展研究中心 省级工程技术研究中心：安徽省热敏性物料加工工程技术研究中心 校级研究机构：地理信息技术研究所、化工技术研究所、滁州特色农产品深加工工程中心、物联网应用工程技术研究中心、地理国情与区域环境研究所、皖东历史文化研究中心、城镇化与新农村建设研究所、凤阳花鼓音乐研究所
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