阜阳师范大学科研机构截至2018年12月，学校拥有安徽省重点实验室2个、安徽省高校工程技术研究中心2个、安徽省高校重点实验室2个、安徽省高校实验室1个、安徽省人文社科重点研究基地3个、安徽省智库1个
安徽省重点实验室：环境激素与生殖发育安徽省重点实验室、环境污染物降解与监测安徽省重点实验室安徽省高校工程技术研究中心：抗衰老中草药安徽省高校工程技术研究中心、生物质转化与污染防控安徽省高校工程技术研究中心安徽省高校重点实验室：胚胎发育与生殖调节安徽省高校重点实验室、信息功能材料结构与器件安徽省高校重点实验室安徽省高校实验室：区域物流规划与现代物流工程安徽省高校实验室安徽省人文社科重点研究基地：皖北文化研究中心、农民工研究中心、安徽武术文化研究中心安徽省智库：安徽优秀传统文化研究中心
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