杭州医学院学科建设截至2022年4月，学院有3个一级学科硕士点，3个专业学位硕士点，建有1个国家临床重点专科；4个省级一流学科（B类）；2个浙江省医学重点学科群；病原分子生物学、劳动卫生学、药学等17个厅局级重点学科（支撑学科、创新学科）
浙江省一流学科（B类）建设项目：临床医学、基础医学、公共卫生与预防医学、药学 浙江省医学重点学科群：微创外科、生物医药 浙江省医学重点建设学科（扶植）：临床病理学 一级学科硕士学位授予点：药学、公共卫生与预防医学、基础医学专业学位硕士点：公共卫生、药学、生物与医药
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