温州医科大学院系专业截至2021年11月，学校设有15个二级学院；拥有5所附属医院，同时在浙江省设有24所非直管附属医院（临床学院） ；开设30个本科专业，2个专科专业，涉及医学、理学、工学、管理学等四大学科门类

 部门设置类别名称二级学院温州医科大学基础医学院温州医科大学检验医学院、生命科学学院温州医科大学药学院温州医科大学护理学院温州医科大学公共卫生与管理学院温州医科大学社会科学教学部、马克思主义学院（筹）温州医科大学体育科学学院、体育部温州医科大学外国语学院温州医科大学第一临床医学院温州医科大学第二临床医学院温州医科大学眼视光学院、生物医学工程学院温州医科大学口腔医学院温州医科大学国际教育学院温州医科大学继续教育学院温州医科大学精神医学学院温州医科大学创新创业教育学院直属附属医院温州医科大学附属第一医院温州医科大学附属第二医院（温州医科大学附属育英儿童医院）温州医科大学附属眼视光医院温州医科大学附属口腔医院资料来源： 专业设置院系专业类别眼视光学院、生物医学工程学院生物医学工程（眼视光工程新工科班）本科眼视光医学（5+3一体化）本科眼视光医学（新医科班）本科眼视光医学本科生物医学工程本科眼视光技术专科第一临床医学院、信息与工程学院临床医学（5+3一体化）本科临床医学本科医学影像学本科信息管理与信息系统本科第二临床医学院儿科学本科麻醉学本科中医学本科康复治疗学本科临床医学本科临床医学（5+3一体化）本科药学院临床药学本科药学类（含药学、中药学、生物制药专业）本科精神医学学院精神医学本科应用心理学本科检验医学院、生命科学学院医学检验技术本科卫生检验与检疫本科生物技术本科公共卫生与管理学院预防医学本科放射医学专业本科公共管理类(包含公共事业管理、社会劳动保障、市场营销)本科口腔医学院口腔医学本科护理学院护理学本科助产学本科护理专科阿尔伯塔学院临床医学（中外合作办学）本科基础医学院基础医学本科资料来源： 

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