浙江大学争创一流经国务院批准，1998年9月15日，浙江大学、杭州大学、浙江农业大学、浙江医科大学合并组建为新的浙江大学，新的浙江大学仍定名”浙江大学”，为教育部直属高校，实行教育部与浙江省共建共管
至此，自1952年院系调整以来所形成的四校分治的局面结束了
浙江大学由此停止了对苏联模式的使用，恢复了1952年之前的学科设置，重新成为了综合性大学
1999年，浙江大学成为首批9所列入国家“985工程”建设计划的全国重点大学之一
同年，入选第一批国家大学生文化素质教育基地
2001年12月，成为首批试办国家示范性软件学院的高等学校
2006年，首批入选高等学校学科创新引智计划（111计划）
2007年1月21日，浙江大学航空航天学院成立
5月28日，第11届环太平洋大学联盟校长级年度会议在浙江大学开幕
6月，入选第一批国家大学生创新性实验计划立项学校
同年，成为研究生培养机制改革首批试点高校之一
2009年上半年，浙江大学实行了学部制，全校调整为七大学部——人文学部、社会科学学部、理学部、工学部、信息学部、农业生命环境学部、医药学部
同年，首批入选基础学科拔尖学生培养试验计划（珠峰计划）
2010年6月，入选教育部第一批“卓越工程师教育培养计划”高校
2011年2月，由浙江大学与苏州高新区共建的浙江大学苏州工业技术研究院揭牌
2012年5月，被教育部评为全国毕业生就业典型经验高校
6月10日，浙江大学成立了海洋学院，学院由海洋科学系、海洋工程学系、海洋信息学系和海洋经济管理系组成，隶属于工学部，位于浙大新成立的舟山校区
9月，入选第一批国家级大学生创新创业训练计划项目
11月，入选教育部卫生部第一批卓越医生教育培养计划项目试点高校；同月，入选国家首批卓越法律人才教育培养基地
2013年5月15日，浙江大学与英国帝国理工学院就建立联合学院事宜签署了“浙江大学—帝国理工联合学院合作谅解备忘录”，浙大成为中国首个在世界名校建立海外校区的高校；同月，首批入选高等学校创新能力提升计划（2011计划）
2014年9月，入选国家第一批卓越农林人才教育培养计划改革试点项目
2015年7月，入选首批全国高校实践育人创新创业基地
2016年6月，入选“浙江省国际化特色高校”首批建设单位
7月，被教育部评为全国创新创业典型经验高校
9月，浙江工程师学院（浙江大学工程师学院）正式成立
2017年1月，被教育部认定为“全国首批深化创新创业教育改革示范高校”
9月，浙江大学入选国家“双一流”建设高校
2018年3月，入选教育部首批新工科研究与实践项目
8月1日，浙江大学与宁波市签署协议，决定深化市校合作，全面推进建设浙江大学宁波校区
11月，浙江大学等9所“双一流”建设高校联合组建了医学“双一流”建设联盟
2019年2月，浙大被教育部认定为首批高等学校科技成果转化和技术转移基地
5月，发起成立长三角研究型大学联盟
7月，首批入选中国高校行星科学联盟；同月，由浙大与温州市政府合作共建的浙江大学温州研究院正式挂牌成立
9月22日，发起成立长三角高校智库联盟；同日，成为中国人工智能教育联席会创始成员、副理事长单位
12月，发起成立长三角医学教育联盟；同月，浙江大学医学院脑科学与脑医学学院成立
2020年1月，入选“强基计划”试点高校
6月，浙江大学与上海市人民政府签署战略合作协议，浙江大学上海高等研究院揭牌
7月，入选第二批高校国家知识产权信息服务中心建设名单
9月30日，浙江大学宣布筹建大健康学院，陈廷骅基金会捐资支持
10月，浙江大学成为中国人民银行金融科技研究中心共建单位
10月，被国家知识产权局、 教育部确定为2020年度国家知识产权示范高校
2021年1月9日，浙江大学亚洲文明研究院成立
1月17日，加入长三角文化遗产保护与文化资源共享研究联盟
1月24日，加入中国自由贸易试验区研究院联盟
3月27日，成立浙江大学成立数字法治研究院
4月22日，安庆市人民政府与浙江大学签署协议，将共建浙江大学安庆未来产业技术研究中心
4月23日，发起组建“长三角可持续发展大学联盟”
6月6日，浙江大学共享与发展研究院在浙江杭州成立
11月10日，浙江大学控制学院石虎山机器人创新基地正式成立
2022年2月，浙江大学入选第二轮国家“双一流”建设高校
7月28日，“浙大欢迎您”仪式在紫金港校区举行，著名经济学家陈松年教授全职加盟浙江大学，受聘为首位青山讲席教授
8月20日，浙江大学上海高等研究院智能医疗联合研究与转化中心成立
9月，浙江大学长三角智慧绿洲创新中心首期开园
9月，浙江大学—镇海炼化联合研究中心前天在中石化宁波新材料研究院揭牌成立
9月，浙江大学获批国家卓越工程师学院首批试点建设单位
11月16日，发起成立浙江省高校科协联合体
12月10日，担任浙江省新医科发展联盟理事长单位
12月15日，浙江大学召开文科大会
浙江大学文学院、历史学院和哲学学院正式成立
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