南京财经大学科研机构截至2021年11月，学校获批现代服务业协同创新中心、现代粮食流通与安全协同创新中心、江苏现代财税治理协同创新中心等省级协同创新中心3个

建成粮食储运国家工程实验室（稻谷平台）1个，电子商务信息处理国际联合研究中心1个，电子商务交易技术国家地方联合工程实验室1个，国家粮食产后服务技术创新中心1个，国家粮食大数据采集与应用技术创新中心1个，国家粮油标准研究验证测试中心1个，食品中农药残留检测方法国家标准首批验证单位1个，全国粮食安全宣传教育基地1个，全国名特优农产品营养品质评价鉴定机构1个，全国农产品质量安全与营养健康科普基地1个，国家重点实验室培育建设点1个，省部级工程技术研究中心2个，省级工程研究中心1个，省级工程实验室1个，省级高校重点实验室4个，省级公共技术服务中心（平台）2个；江苏省重点培育智库1个，江苏高校哲学社会科学重点研究基地（含培育点）5个，江苏现代服务业研究院1个，江苏省中国特色社会主义理论体系研究中心1个，江苏省厅局共建科研机构8个

学校现代服务业科技园为省级大学科技园，并获评国家小型微型企业创业创新示范基地

 江苏省重点实验室（2个）：电子商务实验室、粮油品质控制及深加工技术实验室

 省级重点研究基地（1个）：江苏产业发展研究院

江苏高校哲学社会科学重点研究基地（2个）：粮食安全与战略研究中心、公共财政研究中心

省级重点实验室（12个）：江苏省电子商务省级重点实验室、粮油品质控制与深加工技术实验室、科研院所、江苏产业发展研究院、高等教育研究所、粮食经济研究所、企业发展战略研究所、国际经济法研究所、WTO 研究中心、南京都市圈研究中心、中国粮食流通管理培训中心、科技开发部

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