南京中医药大学南京中医药大学1995年，更名为南京中医药大学

同年，经国家教育部批准，设立第一个中医学博士后科研流动站

 1998年，成为首批临床医学博士、硕士专业学位试点单位

 2002年，开辟仙林校区

2010年，列为江苏省重点建设高校

2010年，入选国家“特色重点学科项目”建设高校

 2011年，成为江苏省人民政府和国家中医药管理局共建高校

 年底，入选国家建设高水平大学公派研究生项目

2015年4月，入选国家“卓越医生（中医）教育培养计划”改革首批试点高校

 12月，成为“创建世界一流中医药大学合作联盟”（2018年更名为“世界一流中医药大学建设联盟”）创始成员

 2017年9月，南京中医药大学入选国家“双一流”建设高校

同年，入选江苏省高水平大学建设高校

 2018年1月，南京中医药大学与中国科学院上海药物研究所签署全面战略合作协议，共建“新中药学院”

 11月，成为教育部和江苏省共建“双一流”建设高校

 2019年12月，发起成立长三角医学教育联盟

 2020年8月，学校成为教育部、江苏省人民政府与国家中医药管理局三方共建高校

  2022年2月14日，被教育部评选为“双一流”建设高校

 7月25日，发起成立长三角中医药高等教育联盟

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