江苏科技大学合并发展1999年4月，学校由中国船舶工业总公司管理划转江苏省管理，实行“中央与地方共建，以地方管理为主”的管理体制；11月，江苏省江海贸易学校并入，成为学校南校区

2000年，中国农业科学院蚕业研究所与学校合并（2001年3月正式合并），实行省部共建、以江苏省为主的管理体制，并继续保留中国农业科学院蚕业研究所名称和独立法人地位

   2002年3月，经江苏省教育厅批准，学校建立民办二级学院——南徐学院，并于当年招生；同月，海军政治部与学校签定了“关于海军依托华东船舶工业学院选拔培养干部协议书”，中国人民解放军海军在学校设立了后备军官选拔培养工作办公室，学校成为当时江苏省唯一的海军后备军官培养基地

 2002年6月，江苏省人民政府与国防科工委签定了共建华东船舶工业学院协议书；9月，学校在中国农科院蚕业研究所内建成西校区

 2003年4月，经教育部发展规划司批准，在华东船舶工业学院的基础上筹建江苏科技大学

2003年，江苏科技大学庆祝建校七十周年，得到了时任国务院副总理李岚清发来的祝贺信；学校成立了全国百余家研究所、造船企业及江苏省所辖各市人民政府等参与的合作发展委员会

  2013年，学校八十周年校庆之际，时任教育部部长陈至立发来贺信

 2004年5月18日，教育部批准同意华东船舶工业学院更名为江苏科技大学，并于5月28日举行揭牌典礼；6月，江苏省船舶工业行业协会在学校设立

2005年，学校与张家港市人民政府合作建办江苏科技大学张家港校区

2006年12月，学校以优秀的成绩通过教育部本科教学工作水平评估

同年还先后通过了武器装备科研生产单位保密资格认证和国军标质量管理体系认证，取得武器装备科研生产许可证

 2007年10月，国务院学位委员会将“特种经济动物饲养”博士学位授予点从中国农科院划转学校，学校成功晋升博士学位授权单位；同年，张家港新校区建成启用，形成了一校四区的办学格局

 2011年9月，入选教育部第二批“卓越工程师教育培养计划”高校

 2012年6月，经教育部批准，江苏科技大学南徐学院迁址张家港市，更名为江苏科技大学苏州理工学院，由江苏科技大学和张家港市金城投资发展有限公司合作举办；9月，江苏省人民政府与中国船舶工业集团、中国船舶重工集团公司签约共建江苏科技大学

  2013年，学校被评为“首批江苏省国防教育示范学校”

 2014年3月，由江苏科技大学作为牵头单位的江苏高校高技术船舶协同创新中心获批

  2016年，国家国防科技工业局与江苏省人民政府签约共建江苏科技大学

 2020年7月，入选第二批高校国家知识产权信息服务中心建设名单

 8月，江苏科技大学与扬州市人民政府签订全面战略合作框架协议

 9月，被国家知识产权局、教育部确定为2020年度国家知识产权试点高校

 12月21日，中国船舶集团与江苏省人民政府共同签订了《战略合作协议》，明确双方共同支持江苏科技大学建设具有船舶特色的一流大学；双方还签订了《关于共建江苏科技大学的协议》，共同支持学校建设国内一流造船大学 

12月26日，加入长三角高水平行业特色大学联盟

 12月28日，镇江市通过《中共镇江市委关于制定镇江市国民经济和社会发展第十四个五年规划和二〇三五年远景目标的建议》，支持江苏科技大学创建“双一流”大学

  2021年，入选江苏高水平大学建设高峰计划建设高校名单（B类建设高校）

 11月3日，黄维院士受聘江苏科技大学客座教授

 2022年10月10日，签约成立纯电动运输船舶产学研用发展联盟

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