上海海事职业技术学院院系专业截至2020年2月，学校设有5个教学系，2017-2018学年共设置专业7个（不含方向）
院系名称专业方向航海技术系航海技术航运管理系港口与航运管理、物流管理机电工程系船舶电子电气技术、轮机工程技术管理系报关与国际货运、会计资料来源：
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