上海科技大学仪器平台据2022年9月学校官网信息显示，上海科技大学与中国科学院上海分院所属各研究院所签署了全面合作协议，学校与各研究院所的教育资源、科研设施、技术平台等相互开放，资源共享，优势互补

 据2019年6月学校官网信息显示，作为张江综合性国家科学中心的核心依托单位，学校正与中科院上海分院科研院所等单位合作，负责或参与建设软X射线自由电子激光用户装置、活细胞结构和功能成像等线站工程、超强超短激光实验装置、上海光源二期线站工程（纳米自旋与磁学线站、高性能膜蛋白晶体学线站），牵头硬X射线自由电子激光装置的规划和建设，承担“多空间多时间尺度生物成像平台”“机器学习与虚拟现实平台”等科创中心建设重点建设工作，实施一系列重大科学研究项目

截至2021年11月，学校已建立378个研究组

 国家重大科技基础设施建设项目：硬X射线自由电子激光装置（英文缩写为SHINE）  学校与中国科学院上海分院合作的设施资源有：上海同步辐射光源、上海生命科学大型仪器区域中心、上海材料与制造大型仪器区域中心、中国科学院国家科学图书馆学校与其他机构合作的设施资源有：国家蛋白质科学中心（上海）、上海超级计算中心学校公共仪器高通量高内涵细胞分析仪双光子激光共聚焦显微镜质谱仪激光共聚焦显微镜分选型流式细胞仪荧光光谱仪长时间动态活细胞成像及数据分析系统高分辨率质谱仪核磁共振波谱仪-500MHz流式细胞仪（分选）液相色谱-质谱联用仪分选型流式细胞仪原子力显微镜多标记微孔板检测系统生物分子相互作用分析仪膜片钳记录分析系统全自动结晶及晶体观察分析系统微生物克隆挑取系统多功能激光扫描仪分子相互作用分析仪全自动低温样品存储仪实验动物监测系统超高分辨率液质联用仪蛋白晶体观察成像分析系统多标记微孔板检测系统激光共聚焦显微成像系统流式细胞仪（分析）

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