上海海关学院院系设置截至2020年11月，学校设有8个教学院（系、部），设置10个本科专业，涵盖管、经、法、文等4个学科门类
2022年2月，学校新增海关稽查专业
专业设置系部专业上海海关学院海关与公共管理学院海关管理、行政管理、海关检验检疫安全上海海关学院海关与公共经济学院税收学、经济统计学上海海关学院工商管理与关务学院国际商务、物流管理、审计学上海海关学院海关法律系法学上海海关学院海关外语系英语（商务应用）上海海关学院基础部（思政部）-
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