上海中医药大学学科建设截至2020年4月，学校有“双一流”建设学科2个，国家重点学科4个，国家重点学科（培育）2个，“双一流“建设学科数和国家重点学科数均居全国中医院校第二、上海市地方高校之首；有国家中医药管理局中医药重点学科38个，上海市“重中之重”学科1个，上海市重点学科9个，上海市教委重点学科5个，上海高校一流学科6个，上海高校高峰高原学科4个；有3个一级学科博士学位授权点，1个博士专业学位授权点；有7个一级学科硕士学位授权点，5个硕士专业学位授权点，3个博士后科研流动站，博士学位授予专业覆盖全部中医药学科；2个学科进入ESI全球前1%

在2010年的全国博士后科研流动站评估中，学校中药学学科被评为全国唯一的中药学一级学科“优秀”流动站，也是唯一荣获“全国优秀博士后科研流动站”称号的上海市属高校

在2012年教育部第三轮学科评估中，学校中药学一级学科排名全国第一，中医学一级学科排名全国第二，中西医结合一级学科排名全国第三

近年，有1篇博士论文被评为“全国优秀博士论文”，4篇博士论文获“全国优秀博士论文”提名

2017年12月28日，教育部学位与研究生教育发展中心公布了全国第四轮学科评估结果

学校中医学、中药学、中西医结合三个学科携手参评，均取得A+的优秀成绩，是全国中医院校中唯一取得3个A+的高校

 博士后科研流动站（3个）：中医学、中西医结合医学、中药学 一级学科博士学位授权点（3个）：中医学、中西医结合、中药学 博士专业学位授权点（1个）：中医一级学科硕士学位授权点（7个）：中医学、中西医结合、中药学、药学、医学技术、科学技术史、马克思主义理论  硕士专业学位授权点（5个）：中医、中药学、护理、翻译、公共卫生“双一流”建设学科（2个）：中医学、中药学 国家重点学科（4个）：中医外科、中药学、中医内科、中医骨伤科学 国家重点（培育）学科（2个）：中医医史文献学、针灸推拿学 国家中医药管理局中医药重点学科（38个）：药用植物学、中医诊断学、中医各家学说、中医药工程学、中医肝胆病学、中医传染病学、中医肾病学、中医肿瘤病学、中医肛肠病学、中医骨伤科学、中西医结合临床、针灸学、推拿学、古汉语与医古文、内经学、中西医结合基础、中医基础理论、中医复杂科学、中医史学、中医文化学、中医文献学、中医痹病学、中医疮疡病学、中医护理学、中医急诊学、中医乳腺病学、中医养生学、中西医结合临床、中医全科医学、中西医结合临床、中医护理学、中医药信息学、中医“治未病”学、中医康复学、中医皮肤病学、中医血液病学、中医儿科学、中医神志病学  上海市“重中之重”学科（1个）：中药学 上海市重点学科（9个）：中医妇科学、中医诊断学、中医系统实验方剂学、中医医史文献、中药学、针灸推拿学、中医骨伤科学、中医外科学、中医内科学   上海高校一流学科（6个）：A类-中药学；B类-中医学、中西医结合、科学技术史；培育-护理学、药学 上海高校高峰高原学科（4个）：I类高峰-中药学、I类高峰-中医学、I类高峰-中西医结合、I类高原-科学技术史上海市教育委员会重点学科（5个）：中药临床药理学、中药药剂学、中医诊断学、中医脾胃病学、中西医结合基础 ESI全球前1%学科（2个）：临床医学、药理学与毒理学

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