上海中医药大学教学机构截至2016年10月，学校有研究生院，21个直属学院，3所直属附属医院，4所非直属附属医院，22个附属及共建研究所，15个研究中心；成立了由上海19家中医机构组成的医教研联合体
有3个教育部基地：中国大学生武术训练基地、国家大学生文化素质教育基地、国家理科基础科学研究和教学人才培养基地
学院设置上海中医药大学基础医学院上海中医药大学中药学院上海中医药大学针灸推拿学院上海中医药大学护理学院上海中医药大学医学技术学院上海中医药大学公共健康学院上海中医药大学曙光临床医学院上海中医药大学龙华临床医学院上海中医药大学岳阳临床医学院上海中医药大学普陀临床医学院上海中医药大学市中医临床医学院上海中医药大学市中西医临床医学院上海中医药大学市七临床医学院上海中医药大学康复医学院上海中医药大学马克思主义学院上海中医药大学继续教育学院上海中医药大学国际教育学院上海中医药大学体育部上海中医药大学外语教学中心上海中医药大学教学实验中心上海中医药大学教师发展中心 上海中医药大学研究生院--
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