上海中医药大学科研平台截至2016年10月，学校建有1个教育部工程研究中心， 3个教育部重点实验室，3个上海市重点实验室，8个国家中医药管理局重点研究室，2个国家中医临床研究基地，2个上海高校工程研究中心，2个上海高校人文社会科学重点研究基地，3个上海市高校E-研究院，2个上海市专业技术服务平台

 省部共建教育部重点实验室（3个）：中药标准化、肝肾疾病病症、筋骨理论与治法教育部工程研究中心（1个）：中药现代制剂技术上海市重点实验室（3个）：复方中药、中医临床、健康辨识与评估国家中医药管理局重点研究室（8个）：中医医疗服务评估、传统医药法律保护、慢性肝病虚损、脊柱退变肾骨相关、中药新资源与品质评价、针灸免疫效应、中医药防治传染病、中医药健康服务模式与应用上海高校重点实验室：中西医结合防治心脑疾病 国家中医药管理局重点研究室（8个）：中医医疗服务评估、传统医药法律保护、慢性肝病虚损、脊柱退变肾骨相关、中药新资源与品质评价、针灸免疫效应、中医传染病学 上海高校工程研究中心（2个）：中药创新药物研发、针灸推拿诊疗技术 上海高校人文社会科学重点研究基地（2个）：中医药文化研究与传播中心、医学科技史研究中心 上海高校E-研究院（3个）：中医内科学E-研究院、氧化氮及炎症医学E-研究院、中药药效物质E-研究院  上海市协同创新中心 （1个）：上海中医健康服务协同创新中心 上海市专业技术服务平台（2个）：上海市中医方证研究专业技术服务平台、上海市中医固体制剂专业技术服务平台   校级研究所：中医基础理论研究所、中医文献研究所、中药研究所、中医脊柱病研究所、中医外科研究所、中医肿瘤研究所中医骨伤科研究所、中医肾病研究所、中医肝病研究所、中医推拿研究所、中医药发展研究所、中医脾胃病研究所、中医工程研究所、中医儿科研究所、特色诊疗技术研究所、中西医结合临床研究所、中西医结合肿瘤介入研究所、中西医结合关节炎研究所、中医药国际标准化研究所校级研究中心：科技实验中心、药物安全评价研究中心、穆拉德中药现代化研究中心、中医复杂系统研究中心、上海中药标准化研究中心、上海市中医药循证医学研究中心、中医药临床评价研究中心、全国中医医院医疗质量监测中心、中医方证与系统生物学研究中心、中医信息科学与技术研究中心、上海市中医药知识产权研究中心、中医标准化研究中心、中医药文化研究与传播中心、中医方证信息研究中心、传统医学国际疾病分类研究与服务评价中心、中国中医药文献检索中心上海分中心校级研究院：创新中药研究院、科技人文研究院、交叉科学研究院、中西医结合研究院 法人研究机构：上海市气功研究所、上海市针灸经络研究所、上海市中医老年医学研究所、上海中医药博物馆

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