上海中医药大学科研成果截至2010年5月，学校共承担各类项目56项，其中承担的“973”计划、攀登计划、国家重点攻关、重大新药创制等重大项目8项，国家自然科学基金重点项目1项，国家自然科学基金7项，教育部高等学校科技创新工程重大项目培育基金1项、上海市科委各类项目20项，上海市教委项目7项

获国家科学技术进步二等奖1项、上海市科技进步一等奖1项

发表论文115篇，其中SCI论文44篇

申请和获得授权专利12项

其中科技中心已承担科研项目178项，其中国家级课题23项，部市级课题67项

获得科技成果奖11项，申请专利共14项，已获得新药批文4个，成果转化4项

已完成新药开发研究长期毒性试验29项

  2020年9月，从国家自然科学基金网络信息系统获悉， 上海中医药大学获得2020年度国家自然科学基金项目立项125项，直接经费资助总额为5705万元，其中重点项目2项、面上项目69项、青年科学基金项目54项，立项资助数连续十年位列全国中医类院校首位

 以下获奖数据截至2017年：国家科学技术进步奖（15个，其中第一完成单位8项，非第一完成单位7项)高等学校科学研究优秀成果奖（91个）上海市科学技术奖（174个）国家中医药管理局中医药科学技术奖（45个）中华医学科技奖（16个）中华中医药学会科学技术奖（77个）中国中西医结合学会科学技术奖（46个）中国药学会科学技术奖（1个）中国针灸学会科学技术奖（2个）中国青年科技奖（1个）霍英东基金会高等院校青年教师奖（1个）上海市教育科学研究成果奖（9个）上海医学科技奖（48个）上海中医药科技奖（247个）上海药学科技奖（8个）上海中西医结合科学技术奖（70个）

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