吉林医药学院科研机构截至2016年11月，学校拥有科研实验平台18个，其中“院士工作站”1个，省教育厅重点实验室3个、省教育人文社科重点研究基地1个，省卫生厅重点实验室2个，省工信厅实验中心1个，省中医药管理局实验平台10个
“院士工作站”（1个）：吉林医药学院院士工作站 省中医药管理局实验平台（10个）：中药抗微波辐射研究实验室、中药质量检测实验室、中药微量元素分析实验室、中药细胞分子毒理实验室、中药及复方药效物质基础研究实验室、生殖与肿瘤实验室、分子生物学实验室（名单不全）省教育人文社科重点研究基地（1个）：医学人文素质教育研究中心 省卫生厅重点实验室（2个）：辐射损伤防治实验室（名单不全）省教育厅重点实验室（3个）：辐射损伤防治实验室、吉林省重大疾病发病机制与防治研究重点实验室、肿瘤靶向治疗与转化医学实验室
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