吉林医药学院附属医院截至2016年11月，学校有2所三级甲等直属附属医院和2所三级甲等非直属附属医院
三级甲等直属附属医院（2所）：第一临床医学院附属四六五医院、第二临床医学院附属梅河口市中心医院三级甲等非直属附属医院（2所）：附属吉林省吉林中西医结合医院、附属吉林油田总医院
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