沈阳农业大学科研机构截至2018年底，学校有国家部委科研平台26个、省级科研平台48个、市级科研平台11个、校级科研平台30个

 科研机构级别名称国家发改委北方粳稻育种栽培技术国家地方联合工程实验室、土肥资源高效利用国家工程实验室 、北方园艺设施设计与应用技术国家地方联合工程研究中心教育部、科技部共建新农村发展研究院科技部沈阳山楂国家野外科学观测研究站教育部、辽宁省共建北方粳稻遗传育种重点实验室、设施园艺重点实验室2019年度省部共建协同创新中心环渤海湾地区设施蔬菜优质高效生产省部共建协同创新中心 农业部：农业部科研机构农业部东北水稻生物学与遗传育种重点实验室农业部东北耕地保育重点实验室农业部北方作物生理生态重点开放实验室农业部东北土壤与环境重点开放实验室国家果树种质沈阳山楂资源圃多功效大豆根病防治剂菌线克科技成果转化基地国家水稻区域技术创新中心沈阳农业大学国家水稻原原种扩繁基地北方粳型超级稻成果转化基地北方超级粳稻原原种扩繁基地沈阳农业大学东北野生猕猴桃资源异位保存圃沈阳农业大学秸秆技术研发中心辽宁东北野菜种质异位保存圃与鉴定中心沈阳农业大学东北地区农村沼气科技创新示范基地农业部东北地区蔬菜科学观测实验站农业部东北玉米营养与施肥科学观测实验站农业部东北地区作物栽培科学观测实验站农业部东北设施园艺工程科学观测实验站国家林业局：辽河平原森林生态系统定位研究站辽宁省科技厅：辽宁省农业生物技术重点实验室、辽宁省北方粳稻育种重点实验室、辽宁省设施园艺重点实验室 、辽宁省农业资源与环境重点实验室 、辽宁省植物病理重点实验室、辽宁省农业水土工程重点实验室 、辽宁省十字花科蔬菜遗传育种重点实验室 、辽宁省农业机械化重点实验室 、辽宁省生物质能源生物转化技术重点实验室、辽宁省线虫病害与生物控制重点实验室、辽宁省果树品质发育与调控重点实验室、辽宁省全球变化与生物入侵重点实验室、人畜共患病防控重点实验室、辽宁省草莓育种与优质栽培重点实验室、辽宁省工厂化高效农业工程技术研究中心 、辽宁省农产品加工工程技术研究中心、辽宁省生物农药工程技术研究中心、辽宁省瘦肉型猪繁育工程技术研究中心、辽宁省玉米育种工程技术研究分中心、辽宁省植物基因工程技术研究中心、辽宁省生物炭工程技术研究中心、辽宁省昆虫资源工程技术研究中心、辽宁省蔬菜细胞与分子育种工程技术研究中心、辽宁省农业信息化工程技术研究中心 、辽宁省北方粳稻产业共性技术创新平台、辽宁省农作物秸秆饲喂反畜家禽配套技术推广中心辽宁省发改委：辽宁省北方粳稻工程实验室 、辽宁省设施蔬菜工程实验室、辽宁省蔬菜育种工程实验室、辽宁省设施农业环境与装备工程研究中心、辽宁省人兽共患病研究工程实验室、辽宁省生物炭技术工程实验室辽宁省教育厅：北方超级粳稻育种重点实验室 、辽宁省农作物病害免疫重点实验室、辽宁省设施园艺重点实验室、辽宁省养猪工程技术中心、经济与应用昆虫重点实验室、农产品深加工重点实验室、农业水土工程实验室 、蔬菜遗传育种重点实验室、农业机械化重点实验室、北方园林植物与地域景观重点实验室、土壤肥料资源高效利用重点实验室（重大平台、生物炭工程技术研究中心（重大平台）、环渤海湾地区设施蔬菜优质高效生产协同创新中心、东北粳稻遗传改良与优质高效生产协同创新中心、人兽共患病研究重点实验室（重大平台）辽宁省社科联：辽宁现代农业发展研究基地沈阳市科技局：沈阳市水稻科研基地、沈阳市果树科研基地、沈阳市旱作节水技术重点实验室、沈阳市农业生物技术重点实验室、沈阳市特种玉米遗传育种与生理重点实验室、沈阳市工厂化高效农业技术研究与服务中心 、沈阳市动物胚胎工程技术研究与服务中心、沈阳市农产品加工工程技术中心、沈阳市畜产品加工与安全重点实验室、沈阳市蔬菜细胞与分子育种实验室、沈阳北方果树栽培与生理生态重点实验室 

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