鄂尔多斯生态环境职业学院学科建设学院现设有生态工程、市政工程、经济管理、生物技术、机电工程五个系，园林技术、环境工程技术、园艺技术、花卉生产与花艺、机电设备技术、发电厂及电力系统、汽车检测与维修技术、机电一体化技术、供用电技术、大数据与会计、大数据与财务管理、电子商务、旅游管理、市场营销、绿色食品生产技术、动物医学、食品智能加工技术、市政工程技术、计算机应用技术、空中乘务、建筑室内设计等二十二个专业
其中，畜牧兽医专业为国家级示范专业，园林、机电专业为国家级实训项目投资基地和自治区级精品专业
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