菏泽医学专科学校学术资源馆藏资源截至2014年12月，菏泽医学专科学校图书馆共有馆藏纸质图书67.33万册，电子图书5572GB，纸质期刊2638种，电子期刊3500种，并建立了中国期刊（医药卫生）学术文献二级检索站
学术期刊《菏泽医学专科学校学报》 是由山东省教育厅主管，菏泽医学专科学校主办的综合性医学学术期刊，原名《菏泽医专学报》，1989年月创刊，1989年出版两期
1990年改为季刊，1999年经国家科委核准公开发行，2002年更名为《菏泽医学专科学校学报》；该刊主要刊登反映该校及所属院、所的科研、医疗、教学的新成果、新技术，设有基础医学、临床医学、祖国医学、护理医学、预防医学、麻醉医学方面的论著、专题报道、临床经验、病例报告、技术方法、文献综述、专题讲座以及教学研究等栏目；该刊先后被确定为中国期刊网收录期刊、中国科技论文统计源期刊、中国期刊方阵双效期刊，并入选中国科技期刊文摘数据库、《中国科学引文数据库》等多家数据库，还多次获得国家和省部级优秀科技期刊奖及科技期刊优秀质量奖
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