菏泽学院院系专业截至2022年12月，学校设有21个教学单位，拥有64个本科专业，涉及文学、历史学、经济学、法学、理学、工学、农学、教育学、管理学、艺术学十大学科门类

 2018年，学校专科招生专业有30个，其中普通招生批次22个专业、艺术类1个，普通招生批次中有1个同时是校企合作专业，另外有7个校企合作专业

 本科专业院系名称专业名称学科类别马克思主义学院------政法学院社会工作法学思想政治教育（师范类）法学劳动与社会保障管理学教师教育学院学前教育教育学小学教育（师范类）教育学特殊教育（师范类）教育学心理学（师范类）理学体育与健康学院体育教育（师范类）教育学武术与民族传统体育教育学舞蹈学（体育舞蹈、健美操方向）艺术学人文与新闻传播学院汉语言文学（师范类）文学广播电视学文学广告学文学历史学（师范类）历史学外国语学院英语文学日语文学商务英语文学数学与统计学院数学与应用数学（师范类）理学信息与计算科学理学统计学理学物理与电子工程学院物理学（师范类）理学电气工程及其自动化工学电子信息科学与技术工学化学化工学院化学（师范类）理学应用化学理学化学工程与工艺工学能源化学工程工学环境科学与工程工学农业与生物工程学院（牡丹学院）生物工程工学生物科学（师范类）理学食品科学与工程工学园艺农学园林农学设施农业科学与工程农学机电工程学院机械电子工程工学自动化工学材料成型及控制工程工学轨道交通信号与控制工学计算机学院计算机科学与技术工学网络工程工学物联网工程工学城市建设学院土木工程工学人文地理与城乡规划理学自然地理与资源环境理学建筑学工学药学院制药工程工学动物科学农学动物医学农学生物制药工学商学院经济学经济学金融工程经济学财务管理管理学物流管理管理学音乐与舞蹈学院音乐学（师范类）艺术学音乐表演艺术学舞蹈学艺术学美术与设计学院动画艺术学美术学（师范类）艺术学书法学艺术学视觉传达设计艺术学环境设计艺术学产品设计艺术学服装与服饰设计艺术学教育学教育学国际交流学院--------创新创业学院--------继续教育学院--------远程教育学院--------单县分校--------郓城分校--------东校区教学部--------  2018年专科招生专业院系名称专业名录政法学院法律事务、行政管理教师教育学院学前教育（师范类）人文与新闻传播学院文秘（校企合作）外国语学院英语教育（师范类）、商务英语（校企合作）物理与电子工程学院应用电子技术、电子信息工程技术、电气自动化技术化学化工学院应用化工技术（校企合作）、化学教育（师范类）农业与生物工程学院（牡丹学院）生物教育（师范类）、药品生物技术、园艺技术、设施农业与装备、农产品加工与质量检测、种子生产与经营机电工程学院机电一体化技术（校企合作）计算机学院计算机应用技术城市建设学院城乡规划、建筑工程技术（校企合作）药学院畜牧兽医、药品生产技术、药品质量与安全商学院市场营销（校企合作）、经济信息管理、会计、电子商务（校企合作）、物流管理（校企合作）美术与设计学院艺术设计（美术类） 

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