菏泽学院科研平台截至2018年5月，学校拥有山东省重点实验室1个、山东省人文社科研究基地1个、山东省非物质文化遗产研究基地1个

 2013年，学校获批校级科研机构15个

 “十二五”期间，学校设立校级研究机构30个、系级研究机构20个

山东省省级科研平台平台类别平台名称山东省重点实验室动物生理生化与应用实验室山东省人文社科研究基地水浒文化研究基地山东省非物质文化遗产研究基地音乐系2013年菏泽学院校级科研机构一览表序号机构名称所属学科挂靠单位1生物技术研究开发中心生物学生命科学系2菏泽学院理论物理研究所物理学物理系3天然资源化学应用研究所应用化学化学化工系4牡丹工程技术中心园艺学园林工程系5传统武术文化研究中心体育学体育系6鲁西南民间艺术研究中心美术学美术系7菏泽学院非物质文化遗产研究中心艺术学音乐系8物流管理研究所物流管理经济系9菏泽学院鲁西南文化研究所综合中文系10自动化研究所控制科学与工程蒋震机电工程学院11菏泽学院特种作物研究所农学资源与环境系12菏泽历史文化研究中心历史学社会科学系13心理健康教育研究所心理学教育科学系14应用数学研究所数学数学系15嵌入式系统与物联网研究所计算机科学与技术计算机与信息工程系 

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