南阳医学高等专科学校院系专业截至2020年1月，南阳医学高等专科学校设置14个教学系（部、院），开设有22个高职专科专业与南阳理工学院张仲景国医学院联办中医学1个本科专业

   院系专业系（部、院）专业名称类别护理系护理专业、护理专业（英语方向）和助产专业 专科临床医学系临床医学和口腔医学 专科中医系中医学本、专药学系药学、中药、药品经营与管理、药物制剂技术 专科针灸骨伤系针灸推拿、中医骨伤、康复治疗技术 专科医学技术系医学影像技术、医学检验技术、眼视光技术 专科继续教育学院临床医学、护理、医学影像、医学检验、医学麻醉、口腔医学、眼视光技术、药学、中药、针灸推拿、中医骨伤、中医学和中西医结合 成人“专升本”（联合办学）、专科国际教育学院南阳医专与菲律宾伊密里欧学院护理、药学、医学影像技术（2011年）、与美国卡姆登学院口腔、医学检验技术（2013年）、与美国卡姆登学院新增临床医学专业（2015年） 专科卫生管理系卫生信息管理、计算机应用技术 专科政治理论教学部 ------基础医学部 ------公共教学部 ------体育教学部 ------中专部------

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