东北林业大学科研机构截至2022年6月，学校有4个教育部重点实验室，6个国家林业和草原局重点实验室，15个黑龙江省重点实验室；有2个教育部工程研究中心，4个国家林业和草原局工程技术研究中心及猫科动物研究中心，3个高等学校学科创新引智基地（其中1个升级为“2.0”计划）；有3个国家林业和草原局生态系统定位研究站，1个省哲学社会科学研究基地，5个省级普通高校人文社会科学重点研究基地，2个省级智库；有国家林业和草原局野生动植物检测中心、国家林业和草原局工程质量检测总站检测中心等；有帽儿山实验林场、凉水实验林场等7个校内实习基地、310个校外教学实习基地和160个校外研究生实习基地
2020年，帽儿山实验林场、凉水实验林场和森林博物馆入选第五批全国林草科普基地，森林博物馆晋级“国家二级博物馆”
2021年，成立了东北亚生物多样性研究中心、碳中和技术创新研究院
国家重点实验室：林木遗传育种国家重点实验室国家地方联合工程实验室：黑龙江帽儿山森林生态系统国家野外科学观测研究站、生物资源生态利用国家地方联合工程实验室教育部重点实验室：有森林植物生态学重点实验室、生物质材料科学与技术重点实验室、东北盐碱植被恢复与重建教育部重点实验室、森林生态系统可持续经营教育部重点实验室 教育部工程研究中心：林业生物制剂教育部工程研究中心、木质新型材料教育部工程研究中心国家林业和草原局重点实验室：木材科学与工程国家林业和草原局重点实验室、野生动物保护生物学国家林业和草原局重点实验室、东北森林资源培育国家林业和草原局重点实验室、森林病虫害生物学国家林业和草原局重点实验室、北方林火管理国家林业和草原局重点实验室、林业数据科学与云计算技术国家林业和草原局重点实验室国家林业和草原局研究中心：国家林业和草原局猫科动物研究中心国家林业和草原局工程技术研究中心：红松国家林业和草原局工程技术研究中心、东北乡土树种国家林业和草原局工程技术研究中心、野生动物保护及利用国家林业和草原局工程技术研究中心国家林业和草原局长期科研基地：国家林业和草原黑龙江帽儿山林学和生态学国家长期科研基地、国家林业和草原黑龙江凉水森林生态学国家长期科研基地国家林业和草原局生态系统定位研究站：黑龙江漠河森林生态系统定位研究站、黑龙江三江湿地生态系统定位研究站、黑龙江凉水森林生态系统定位研究站黑龙江省重点实验室：黑龙江省阻燃材料制备与分子设计重点实验室、黑龙江省林木遗传育种重点实验室、黑龙江省木质资源材料科学与技术重点实验室、黑龙江省森林持续经营与环境微生物工程重点实验室、黑龙江省道路结构与绿色生态技术重点实验室、黑龙江省桥梁施工控制与检测加固技术重点实验室、黑龙江省寒区园林植物种质资源开发与景观生态修复重点实验室、黑龙江省寒地道路交通运输技术重点实验室、黑龙江省林业智能装备工程重点实验室、黑龙江省森林食品资源利用重点实验室、黑龙江省植物天然活性物质的生物合成与利用重点实验室、黑龙江省外来林木病虫害监测与防控重点实验室、黑龙江省野生动物疫源疫病与生物安全管控重点实验室、黑龙江省酶与类酶工程重点实验室黑龙江省技术创新中心：黑龙江省木材仿生功能化技术创新中心、黑龙江省生物质复合材料工程技术研究中心、黑龙江省中国古家具工程技术研究中心、黑龙江省木材仿生功能化技术创新中心、黑龙江省林木保护技术创新中心、黑龙江林业智能装备工程研究中心黑龙江省工程研究中心：林业智能装备黑龙江省工程研究中心黑龙江省工程技术研究中心：黑龙江省生物质复合材料工程技术研究中心、黑龙江省中国古家具工程技术研究中心黑龙江省人文社科重点研究基地：东北林业大学经济研究所
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