1998年5月4日，江泽民主席在庆祝北京大学建校100周年大会向全社会宣告：“为了实现现代化，我国要有若干所具有世界先进水平的一流大学。”

第二年，国务院批转教育部《面向21世纪教育振兴行动计划》，“985工程”正式启动建设。先后有39所大学入选985工程。

1、北京大学 1998年5月入选，时任校长 陈佳洱。 

2、清华大学 1998年5月入选，时任校长 贺美英。 

3、中国科学技术大学 1999年7月入选，时任校长 朱清时。

4、复旦大学 1999年7月入选，时任校长 王生洪。

5、西安交通大学 1999年9月入选，时任校长 徐通模。

6、南京大学 1999年7月入选，时任校长  蒋树声。

7、上海交通大学 1999年7月入选，时任校长 谢绳武。

8、哈尔滨工业大学 1999年11月入选，时任校长 杨士勤。

9、浙江大学 1999年11月入选，时任校长 潘云鹤。 

10、北京理工大学 2000年9月入选，时任校长  匡镜明。

11、天津大学 2000年12月入选，时任校长  单平。

12、南开大学 2000年12月入选，时任校长  侯自新。

13、东南大学 2001年2月入选， 时任校长  顾冠群。

14、厦门大学 2001年2月入选， 时任校长 陈传鸿。

15，吉林大学 2001年2月入选， 时任校长 刘中树。

16、武汉大学 2001年2月入选， 时任校长 侯杰昌。

17、华中科技大学 2001年2月入选， 时任校长 樊明武。

18、山东大学 2001年2月入选， 时任校长 展涛。

19、中国海洋大学 2001年2月入选， 时任校长 冯瑞龙。

20、湖南大学 2001年2月入选，时任校长 王柯敏。

21、中南大学 2001年2月入选，时任校长

22、大连理工大学 2001年8月入选，时任校长 程耿东。

23、北京航空航天大学 2001年9月入选，时任校长 沈士团。

24、四川大学 2001年9月入选，时任校长 卢铁城。

25、电子科技大学 2001年9月入选，时任校长 邹寿彬。

26、重庆大学 2001年9月入选，时任校长 吴中福。

27、中山大学 2001年11月入选，时任校长  黄达人。

28、华南理工大学 2001年11月入选，时任校长 刘焕斌。

29、兰州大学 2001年12月入选，时任校长 李发伸。

30、东北大学 2002年1月入选，时任校长 赫冀成。

31、西北工业大学 2002年1月入选，时任校长 叶金福。

32、同济大学 2002年6月入选，时任校长 吴启迪。

33、北京师范大学 2002年8月入选，时任校长 钟秉林。

34、中国人民大学 2003年9月入选，时任校长 纪宝成。

35、中国农业大学 2004年9月入选，时任校长 陈章良。

36、国防科学技术大学 二期入选

37、中央民族大学 二期入选

38、华东师范大学 二期入选

39、西北农林科技大学 二期入选

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