清华大学图书馆机构部门截至2020年6月，图书馆职能部门有：综合办公室、资源建设部、读者服务部、信息参考部、信息技术部、古籍特藏部/科古所、发展研究部；附设机构有：教育部清华大学外国教材中心、教育部科技查新清华大学工作站、教育部“211”工程文献保障体系工程文献中心、教育部CASHL管理学学科中心、清华大学OCLC服务中心、保钓资料收藏研究中心
专业图书馆包括经管图书馆、建筑图书馆、法律图书馆、文科图书馆、美术图书馆、金融图书馆，主要为各自学科的教学科研服务
大部分专业图书馆隶属于所在学院；其馆舍、文献资料、设备、人员以及运行经费等均由所在学院提供；而校图书馆则承担综合馆及理工类研究型图书馆的任务
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