澳门大学合作交流超过30个国家和地区共220多所高等院校签订合作协议，学生可以选择到全球150多所高等院校交流和学习

 2013年5月31日，澳门大学与北京大学双方签署了进一步深化学生交流的协议书

内容包括：扩大学生在文化、艺术、体育等方面的交流；加强於文艺、体育特长生自主招生方面的合作；推动研究生学术交流领域的合作；促进住宿式书院、荣誉学院、通识教育、学生事务管理人员等的交流

 2015年12月7日，澳门大学项玉涛教授、健康科学学院院长邓初夏教授、副院长葛伟教授来到吉林大学公共卫生学院做学术交流

2016年3月11日，珠海市人民医院与澳门大学签署合作协议，确立战略伙伴关系，携手打造精准医学研究中心；3月21日，中国科学院上海药物研究所与澳门大学中华医药研究院签订联合培养研究生合作协议；4月，中科院微生物研究所与澳门大学健康科学学院签署关于成立“健康认知与免疫学重点实验室”合作意向书； 5月12日，澳门大学法学院研究生与华中师范大学法学院研究生在法学院212会议室开展了一场学术交流活动，内容包括“澳门控制和控制环境噪音法、澳门填海造陆的历史进程和澳门大气污染研究”

2016年12月26日，澳门大学讲座教授唐远炎受邀到北京科技大学计算机与通信工程学院开展学术交流，主题为“大数据下模式识别技术发展趋势”的研讨会和“如何撰写高水平学术论文”的报告会

2017年，南方科技大学与澳门大学联合招收研究生，实行双校培养，双导师指导

该项目基本学制为四年，第1学年及最后论文答辩在澳门大学，其余时间（视课程修完时间决定）返回南方科技大学完成其余学业及科研任务

授予澳门大学学位证和南方科技大学学习证明

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