复旦大学上海医学院科研平台据2022年4月学院官网信息显示，学院有国家医学研究中心2个，国家医学中心3个，国家重点实验室1个，教育部重点实验室5个，教育部前沿科学中心1个，国家卫健委（卫生部）重点实验室9个，上海市重点实验室14个

 国家医学研究中心：国家老年疾病临床医学研究中心、国家放射与治疗临床医学研究中心 国家医学中心：国家儿童医学中心（上海院区）、国家神经疾病医学中心、国家传染病医学中心 国家重点实验室：医学神经生物学国家重点实验室（复旦大学） 教育部重点实验室：医学分子病毒学教育部卫生部重点实验室、分子医学教育部重点实验室、智能化递药教育部重点实验室（复旦大学）、公共卫生安全教育部重点实验室（复旦大学）、癌变与侵袭原理教育部重点实验室 教育部前沿科学中心：复旦大学脑科学前沿科学中心 国家卫健委（卫生部）重点实验室：卫生部糖复合物重点实验室、卫生部抗生素临床药理重点实验室、卫生部手功能重建重点实验室、卫生部卫生技术重点实验室（复旦大学）、医学分子病毒学教育部卫生部重点实验室、卫生部听觉医学重点实验室、卫生部近视眼重点实验室（复旦大学）、卫生部病毒性心脏病重点实验室、卫生部新生儿疾病重点实验室 上海市重点实验室：周围神经显微外科重点实验室、医学图像处理与计算机辅助技术重点实验室、器官移植重点实验室、女性生殖内分泌相关疾病重点实验室、肾脏疾病与血液净化重点实验室、视觉损害与重建重点实验室、乳腺肿瘤重点实验室、出生缺陷防治重点实验室、老年医学临床重点实验室、学表观遗传学重点实验室、肺部炎症与损伤重点实验室、脑功能重塑及神经再生重点实验室、传染病与生物安全应急响应重点实验室、放射肿瘤学重点实验室 

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