中国人民解放军海军军医大学院系设置根据2017年8月学校官网显示，学校设有训练部、政治部、校务部、科研部、研究生院5个部院机关，下辖基础医学部、海洋军事医学院、药学院、卫生勤务学系、护理学院、心理与精神卫生学系、热带医学与公共卫生学系、中医系、外训系、继续教育学院、研究生管理大队、干部轮训大队、学员旅、长海医院、长征医院、东方肝胆外科医院等单位

截至2017年8月，海军医学系、卫生勤务学系、中医系均为全军唯一的专业系，外训系是全军唯一的医学留学生培养基地；开设了临床医学（八年制）、临床医学（五年制）、中医学（八年制）、中医学（五年制）、麻醉学（五年制）、药学、中药学、医学心理学、公共事业管理、生物技术、护理学等本科专业

 院系学部下设专业基础部基础医学、生物学、公共卫生与预防医学、特种医学、药学、生物医学工程、外国语言文学、计算机科学与技术海军医学系潜水医学、军事航海医学、军队卫生学、防原医学、防化医学药学院药理学、药物化学、药剂学、药物分析学、生药学、微生物与生化药学、药事管理学卫勤系卫生勤务护理学院护理学心理与精神卫生学系基础心理学、军事心理学、医学心理学、精神医学、临床精神疾病诊治热带医学与公共卫生学系热带传染病学、流行病学、环境卫生学、卫生毒理学、生物防御（微生物）、防化医学外训系------中医系中医基础理论、中药方剂、经典著作、针灸推拿、中医外科、中医内科

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