中国人民解放军海军军医大学附属医院据2017年8月学校官网显示，学校有3所直属附属医院，1所非直属附属医院

海军军医大学第一附属医院（上海长海医院）是综合性三级甲等医院，创建于1949年7月，始称华东军区人民医学院附属医院，1951年7月改称第二军医大学附属医院，1958年9月成为第二军医大学第一附属医院

海军军医大学第二附属医院（上海长征医院）是综合性三级甲等医院

医院前身是1900年德国宝隆博士创办的“宝隆医院”，1930年更名为“国立同济大学附属医院”，1948年更名为“中美医院”；1955年10月，由时任国防部长彭德怀元帅签署命令，成立了“上海急症外科医院”；1958年9月，列编为“第二军医大学第二附属医院”；1966年9月，经上海市批准对外称“上海长征医院”

海军军医大学第三附属医院（东方肝胆外科医院、东方肝胆外科研究所）由肝脏外科学家吴孟超院士创建并领导，是在1956年肝脏外科三人攻关小组、1978年全国第一个肝胆外科和1996年全国第一个肝胆外科专科医院基础上发展起来的以肝胆外科为特色的三级甲等综合医院

海军军医大学附属公利医院（上海市浦东新区公利医院）是隶属于浦东新区卫生计生委的公立综合性医院，建院于1943年，1995年被上海市卫生局批准为二级甲等医院

2012年成为第二军医大学临床医学院，2014年成为第二军医大学附属医院（非直属）

2020年晋升为三级乙等综合医院

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