北京卫生职业学院院系设置截至2023年3月，学院设有四系两部
护理系北京卫生职业学院有悠久的护理、助产专业办学历史和经验，护理专业是学院重点打造的专业之一，在经费、师资、实践技能训练场地的建设等方面得到充足的保障，实现了专业的可持续发展
2016年护理专业被教育部批准为“全国职业院校健康服务类示范专业”
目前护理系开设护理和助产2个专业，办学层次有2年制、3年制、5年制高职，分别面对护理专业中专毕业生、高中毕业生和初中毕业生招生
与本科院校合作开设“专升本”办学模式，架起升学和就业的立交桥，并将进一步开设“外语+护理”、“7年制贯通”等本科办学模式
护理专业依托首都行业优势，实现学院与医院“紧密合作、共育共享的院校三段融合式”培养模式，目前已有13家三级甲等医院被北京市卫计委批准为我院教学医院
护理专业具有一支教学经验丰富，治学严谨，实践能力强的专兼职教师队伍
护理实训室模拟教学医院真实环境建设，教学设备先进、配置合理、功能齐全，有力地保证了学生实践教学的开展
先进的办学理念以及良好的软硬件条件，使护理专业高职学生英语A、B级考试通过率远高于北京市平均水平，护士执业资格考试通过率远高于全国水平，在北京市高等职业院校护理技能大赛中，我院学生连续3年取得第1名好成绩
护理和助产所培养的毕业生广泛分布在全市各级医疗卫生机构，她们以素质高、技术强而受到用人单位的好评
我院优秀毕业生代表陈征、王克荣先后获得护理最高奖——南丁格尔奖；王克荣还获得“贝利•马丁奖”，她是中国第一位获此殊荣的护士，被授予全国先进工作者，入选中国好人榜
另有多人获得“抗击非典优秀个人”、“全国卫生系统先进工作者”、“首都十大白衣天使”、“全国五四青年奖章”等荣誉称号
并且多位优秀毕业生走上医院领导岗位，成为业务骨干，为首都的经济发展、医疗卫生服务事业和护理教育事业做出了贡献，她们成为千万优秀毕业生的典范
药学系药学系现设有高职药学、中职药剂2个专业
其中药学专业曾获得教育部、国家卫生计生委、国家食品药品监管总局和国家中医药管理局共同确定全国首批健康服务类示范专业,市级示范专业，具有悠久的办学历史，其前身是是1929年春创办的“北平市药学讲习所”
药学系现有教职工32人，其中教师28人，教辅人员4人
专任教师中高级职称9人，中级职称10人；硕士以上 15人；市级教学名师1人，市级师德先进个人1人，市级优秀青年骨干教师3人
药学团队曾获得市级优秀创新团队称号
1项教学成果获得北京市优秀教学成果一等奖；1项实训教学软件获国家软件著作权；团队共编写正式出版教材33册，获得市级以上奖励20项，在核心期刊发表论文30余篇
药学系注重学生实践能力培养，校内建有药物制剂、药品质量检测、药学服务等四个实验实训中心，基地面积2360平方米，设备总值约1918万
同时建立了北大医院、友谊医院、华润医药集团、国药集团等校外实训基地26家
药学系毕业生平均就业率为99.9%，平均对口就业率为99.1%
近3年8名学生在全国及北京职业技能竞赛中获得奖励
未来药学系将夯实发展基础、深化内涵建设，努力建设成为我国高技能药学人才培养基地
医学技术系医学技术系成立于2016年3月，设有医学影像技术专业、医学检验技术专业、医疗仪器维修技术专业、医学生物技术等四个专业
其中医学检验技术、医学影像技术专业为学院特色专业，医学检验技术专业2012年入选中央财政支持的“提升专业服务产业能力”项目
根据首都医疗卫生事业发展需求，面向北京地区医学检验技术等职业岗位群，培养具有创新精神、较高医学检验职业素养和较强职业技能的高技能型人才
医学技术系教师团队始终以“团结、敬业、奉献、创新”为工作宗旨，形成了一套规范的日常教育教学运行和管理机制
现有专任教师14人，其中有高级讲师7人，讲师5人；教师均为大学本科以上学历，其中博士研究生1名，硕士研究生6名；；市级专业带头人1人，市级骨干教师2人，市级优秀青年骨干教师4人，北京市青年英才2人，并有一支由行业专家组成的较为稳定的外聘教师队伍
医学检验教师团队2007年度被评为北京市专业创新团队，承担院级科研课题7项，其中1项获得课题评选一等奖，1项获得二等奖，5项获得三等奖
在首届全国卫生职业院校检验专业教师检验技能竞赛中，有2名教师获得三等奖
医学技术系始终坚持“以服务为宗旨，以就业为导向，校企合作、工学结合”的人才培养模式，注重专业技能训练和综合素质的培养，校内拥有医学影像技术专业、医学检验技术专业、医疗仪器维修技术专业3个实训中心，实训室面积达到2000余平方米，各类仪器设备总值近4千万元
各专业的办学过程始终是在行业的参与和指导下进行，成立了专业建设指导委员会，参与教学计划、课程标准和实验实训基地规划的论证，建立了以北京大学人民医院、首都医科大学附属宣武医院、友谊医院、积水潭医院、天坛医院、儿童医院、中国中医科学院广安门医院、中医药大学东方医院等三级甲等医院为主的学生毕业实习基地和以实习医院检验科骨干力量为主的实习带教教师队伍
毕业生以基础知识扎实、实践操作能力强、综合素质高得到用人单位的一致好评，就业率一直稳定在95%以上
中药与康复系中药与康复系成立于2016年
现设有中药学、康复治疗技术、中医康复技术等3个专业；其中中药学专业是学院重点专业之一，康复治疗技术专业是学院特色专业
目前有各专业在读学生一千余人
拥有一支结构合理、专兼结合、高素质的双师型教学团队，现有专任教师32人，其中高级职称16人，博士1人，硕士研究生19人，“双师型”教师29人、北京高等学校青年英才计划2人，北京市职业院校职教名师1人；教学团队师德高尚、团结协作、爱岗敬业，教学效果良好
中药与康复系建有中药鉴定、中药调剂、中药炮制、中药制剂、模拟药店、药用植物、中药化学、制药设备、人体解剖、推拿、针灸、作业治疗、物理因子治疗、运动治疗以及中药标本馆、生命科学馆等实验实训室
同时，与首都医科大学附属北京中医医院、北京中医药大学附属东直门医院、中国中医科学院广安门医院、中国中医科学院望京医院、民航总医院、北京老年医院、北京同仁堂股份有限公司、金象大药房、北京同仁堂科技发展股份有限公司等多家单位建立长期合作关系，并将其确立为我系的实习实训基地中药与康复系积极适应市场需求，注重加强专业建设，在教育教学过程中强化学生职业能力和综合素质培养，逐渐形成了具有自身特色的人才培养模式，为首都经济社会及医药卫生事业发展培养了大批高技能专门人才，受到社会广泛好评
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