交通运输工程学院所属主要学科的历史可以上溯到1952年，在院系调整中，同济大学，交通大学，复旦大学，清华大学等院校土木工程相关专业合并建立同济大学公路铁路与桥梁系，1959年，交通部在同济大学成立了"交通部同济大学公路与研究所"进一步壮大了学科的科研力量。
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