东京大学科研机构截至2014年，东京大学设有2个国际高等研究所、12个尖端研究中心、16个直属科研机构，在11个附属研究所建有47个高水平研究中心，在研究生院建有30余个附置科研机构

 国际高等研究所カブリ数物连携宇宙研究机构 サステイナビリティ学连携研究机构 独立研究中心 低温实验中心放射性同位素综合研究中心环境安全研究中心人工物工学研究中心生物生产工学研究中心亚洲生物资源环境研究中心大学综合教育研究中心空间情报科学研究中心情报基础研究中心基本粒子物理国际研究中心大规模集积系统设计教育研究中心未来政策研究中心直属研究机构 地球観测データ统融合连携研究机构放射光连携研究机构创薬オープンイノベーション中心ナノ量子情报エレクトロニクス研究机构知の构造化中心（ネットワーク）海洋基础生物学研究推进中心海洋アライアンス大学発教育支援コンソーシアム推进机构高齢社会総合研究机构IRT研究机构トランスレーショナル・リサーチ・イニシアティブフューチャーセンター推进机构生命科学ネットワークマイクロ・ナノ多机能デバイス研究ネットワーク日本・アジアに関する教育研究ネットワーク东京大学文书馆附属研究所 医学研究所地震研究所东洋文化研究所社会科学研究所生产技术研究所史料编纂所分子细胞生物学研究所宇宙线研究所物性研究所大气海洋研究所先端科学技术研究所

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