大阪大学研究所大阪大学微生物病研究所：成立于1934年，下有17个研究室，并附设医院、图书馆、感染动物实验设施、共用无菌实验设施、菌株保存设施，癌病遗传细胞检索中心等

主要研究流行病和癌症

在基础生物医学方面，从分子、细胞、实验动物及临床各级水平上开展对微生物引起的疾病及癌的基础研究，附属医院为基础研究和临床研究实习提供服务

除科学研究外，还开展了生物学及医学的研究生教育，已有200名硕士、博士研究生进行微生物及肿瘤学的研究，并先后接收了近百名外国学者和科研人员来所进行合作研究

大阪大学产业科学研究所：成立于1939年，有21个研究室，以及放射线实验室、材料分析中心、高能极限材料中心3个机构

该所与日本关西地区的工业界有着紧密的联系

在基础理论和应用科学的研究中，特别是电子、计算机科学、无机化学、有机化学、冶金学、生物化学等方面已取得了不少成果，其中研制出的电场离子显微镜处于世界最先进的水平

该所还同理学部、工学部、基础工学部联合招收研究生150名，并接收30名国外研究生与研究人员来所共同研究

大阪大学蛋白质研究所：1958年设立，有11个研究室，其中之一专供外国客座学者研究

附属蛋白质工程基础研究中心下设X线分析、多肽化学、基因工程3个实验室

该所现已成为全国乃至全世界蛋白质科学研究中心

研究重点放在蛋白质的结构和功能

该所附设的结晶解析研究中心在X射线结晶分析方面处于世界领先地位，还自行设计了世界上独一无二的超强力自动X射线衍射计，用它测定生物体有关物质分子结构

除了科学研究，还接受理学部、医学部的研究生教育，接受国外访问学者

每年还举办不同课题的专题讨论会

大阪大学社会经济研究所：是该校老四所之一，为日本最高水平经济学术研究中心，于1954年在大阪大学文法学院经济研究室的基础上设立，战前日本近代经济学派代表人高田保马首任任所长，诺贝尔经济奖候选人森嶋通夫任副所长

日本各时期经济学代表人物安井琢磨，二阶堂副包，市村真一，建元 正弘，小野善康，大竹文雄等均在该所任职，1960年与宾夕法尼亚大学合办的英文版学术季报《国际经济评论》，为世界经济学最高级别学术期刊

该所下设理论经济学，实证经济学，政策研究三部门和附属经济学研究实验中心

现任所长小川一夫

大阪大学焊接研究所：1972年设立，含有9个研究室和超高能密度热源中心和高能焊接研究中心两个研究机构

该所的尖端焊接技术无论是在空中，还是在海上，在抗高温、抗高压、抗震动等方面均经受住了考验，在世界最长的连接本州与四国的濑户大桥建造中发挥了巨大的作用

在超厚钢板一次焊接问题上，成功研制出可焊接50厘米厚钢板功率为300千瓦的电子束焊接装置

该所的研究活动还向世界开放，已同许多世界著名大学，如卡内基·梅隆大学、麻省理工学院、明尼苏达大学等开展了合作研究

在研究生教育方面，为工学研究科的焊接课程建设做了不少工作，包括建立了一门新兴的应用高温工程课程

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