柏林洪堡大学院系专业建校初期的柏林洪堡大学有4个经典学院：法学院，医学院，哲学院，神学院

此后在许多著名学者的教学研究推动下，该校又发展了许多新的学科与专业，并很快发展成为一所享誉全球的顶尖学府

柏林洪堡大学共设有11个专业学院及各种中心研究所，它的医学系是欧洲规模最大的

学科包含了人文、社会、人类学、农业、医学、自然科学等领域的所有基础学科，还设有全德国唯一开设的学科-社会性科学

专业齐全，现有224个专业，其中19个专业设有理科硕士专业，59个专业设有文科硕士专业

此外包括了12个语种的翻译专业，其中4个是东欧语言

法学院洪堡大学德意志和国际建筑法学系、环境法研究中心、大陆法学系、宪法学院生命科学院植物种植学、园林艺术学、家畜学第一数学与自然科学院生物学、化学、物理学第二数学与自然科学院地理学、信息学、数学、心理学、医学（夏洛特医学院）第一哲学院哲学、历史、欧洲民族学、信息学和图书馆学第二哲学院德意志文学、德意志语言学、罗马语言学、英美文学、斯洛伐克文学、古语言学第三哲学院社会学、文化和艺术、亚非文学第四哲学院运动学、康复科学技术经济学院金融学、管理和运营市场学、市场运营、统计学、经济史、经济信息学

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