耶拿大学办学历史1548年，耶拿建立了第一所用于牧师和教师培训的高等专科学校，即现今的神学院

 1554年，高等学校法学院成立

1558年，耶拿高等学校经国家特许成立耶拿大学

此时，耶拿也被视为改革的主导中心

至17世纪前，耶拿大学先后发展了哲学、神学、法学和医学等四个专业院系

1653年，数学家兼天文学家魏格尔成为大学的掌舵人

1789年，著名诗人、德国启蒙文学的代表人物弗里德里希·席勒出任历史学教授

18世纪至19世纪，耶拿大学在德国“古典主义时期”成为德国理想主义的中心

1819年，德国文学泰斗歌德成为耶拿大学有着特殊历史意义的监管人

19世纪末，耶拿大学发展出校企合作形式，促成科学和技术的紧密结合

1934年，为纪念德国著名诗人席勒，耶拿大学更名为弗里德里希-席勒-耶拿大学（Friedrich-Schiller-Universität Jena）

1945年，大学在经历一次重组后再次陷入政治意识形态的漩涡中，并有望发展成为一所“社会主义大学”

1989年，耶拿爆发政治革命，耶拿大学的教授和学生走上街头示威，反对社会主义独裁

耶拿被视为民主德国的一个持不同政见的据点

1992年，耶拿大学加入科英布拉集团

2000年，赫伯特·克勒默获得诺贝尔物理学奖，也是耶拿大学学子最近一次获此殊荣

2017年，耶拿大学启用全新logo

 2019年12月，耶拿大学教授Johannes Grave获艺术史领域莱布尼茨奖

 至今，耶拿大学已经发展成为一个拥有十大学院、涵盖文理学科的综合类研究型高校

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