加利福尼亚大学圣迭戈分校校徽除了配色的细微区别和底部校区字样，加州大学各个校区的校徽（seal）基本一致，以发光的星星、翻开的书本和“LET THERE BE LIGHT”的校徽为主体图形，加州大学圣迭戈分校的徽标采用海军蓝和金黄配色
2017年12月，加州大学圣迭戈分校更换了更简洁的新校徽，新校徽是字型校徽，由其英文名称的简称组成
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