马来西亚理科大学校区设置主校区主校区就坐落位于马来西亚西北部的槟城市，距首都吉隆坡市中心 380 公里
设置在该校区的学院有：艺术学院、生物科学学院、传播学院、化学科学学院、计算机科学学院、远程教育学院、教育研究学院、住房、建筑与规划学院、人文学院、工业技术学院、管理学院、数学科学学院、医药科学学院、物理学院、社会科学学院；工程校区工程校区在坐落于槟州的高渊，设置在该校区的学院有：土木工程学院、电气与电子工程学院、航空航天工程学院、化工学院、机械工程学院、材料与矿产工程学院；医学校区医学校区坐落于吉兰丹州的 Kubang Kerian，设置在该校区的学院有：牙科科学学院、健康科学学院、医学科学学院
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