哥本哈根大学自然科学数学 (Master of Science in Mathematics)、物理学及天文学 [Master of Science in Physics (Astrophysics, Geophysics, Biophysics and Quantum Physics)]、化学 (Master of Science in Chemistry)：学校的传统强系；而哥本哈根大学与瑞典隆德大学联合主持的同步辐射装置MAX IV，以及欧洲散裂中子源项目 (European Spallation Source )，势必促进多种学科的强势增长；地质和地球科学 (Master of Science in Geology-Geoscience)：隶属于实力雄厚的IGN ，如 Hans Thybo 教授为欧洲地球科学联盟 (European Geosciences Union) 主席；其所在的 Geocenter Denmark 是欧洲最重要的地学研究与教学中心之一，同时亦为 GEUS（Geological Survey of Denmark and Greenland，丹麦-格陵兰地质调查局）所在地

自然历史博物馆的地球遗传学中心 (Centre for GeoGenetics, Natural History Museum of Denmark) 也与之有着紧密联系——这是一个跨学科中心，主要由遗传学家和地质学家组成，研究内容丰富：从研究欧洲冰河世纪猛犸象的迁移，到追踪最早的人类在澳大利亚的足迹；从分析格陵兰岛重达20吨的陨石，到理解早前的气候变化并预测其对未来的影响；从检测各类疾病的遗传背景，到探索一雌多雄对绿海龟生存情况的影响；

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