波恩大学成立今天的波恩莱茵弗雷德里希·威廉大学于1818年10月18日被普鲁士国王弗雷德里希·威廉三世作为在格赖夫斯瓦尔德大学，柏林弗雷德里希·威廉大学（即后来的洪堡大学），柯尼斯堡大学，哈勒大学和西里西亚弗雷德里希·威廉大学（即后来的波兰弗罗茨瓦夫大学）之后的第六所普鲁士大学建立

为莱茵兰和威斯特法伦两个新的普鲁士省成立学术教育场所是波恩大学成立的初衷和契机，在同一天取消了明斯特和帕德伯恩现有的大学

选址在波恩有以下几个原因：首先，通过两座空置的大主教城堡可以提供足够的初始可用空间

其次人们希望在大学部门设置上发出一个明确信号以标志新的开始

因此，波恩科隆选帝侯国大学和科隆大学都被重新组织建立

于1655年10月14日建立的老杜伊斯堡大学在波恩大学建立之年被解散，杜伊斯堡大学图书馆的大部分被搬到了波恩大学，波恩大学也是杜伊斯堡大学的继承者

波恩科隆选帝侯国大学虽然只在很短的几年内作为先驱者，却是一所很好的适应普鲁士教育理念的深受文艺复兴影响的大学

1860年5月，德国第一个艺术史研究大学教席在波恩大学设置

1865年奥托·雅恩教授与弗雷德里希·威廉·里奇尔教授之间的波恩语言学家纠纷导致李奇尔出走莱比锡

1868年荣获医学院荣誉博士头衔的路易·巴斯德由于1870年的德法战争放弃头衔

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